Disputada por 86 clubes, a Copa do Brasil 2013 é dividida em sete fases regidas pelo sistema de eliminatórias simples em partidas de ida e volta. O clube que somar o maior número de pontos ganhos ao final do confronto estará classificado para a fase seguinte.

Na primeira e segunda fases, o clube visitante que vencer a primeira partida por dois ou mais gols de diferença estará automaticamente classificado sem a necessidade da realização da partida de volta.

Por disputar a Libertadores da América, Grêmio, Fluminense, Corinthians, Atlético Mineiro e Palmeiras entram na disputa apenas nas oitavas-de-final assim como o Vasco, que herdou a posição do São Paulo (que além da Libertadores, também participa da Copa Sul-americana e não participa da Copa do Brasil) por ser a melhor equipe classificada no Campeonato Brasileiro de 2012 depois daquelas que participam da competição continental.

Critério de desempate:
Quando houver igualdade em pontos ganhos ao final das duas partidas do confronto em questão, em qualquer fase, os critérios de desempate são, nesta ordem:
a) Maior saldo de gols;
b) maior número de gols pró como visitante;
c) cobrança de pênaltis.

Caso dois clubes de uma mesma cidade joguem as duas partidas no mesmo estádio, que será considerado neutro, não será aplicado o segundo critério de desempate.

Mando de campo:
Para as primeira e segunda fases, o mando de campo da partida de volta, em cada grupo, pertencerá ao clube melhor posicionado no ranking da CBF (Confederação Brasileira de Futebol).

Para as demais fases, os mandos de campo serão determinados por meio de sorteio, a ser realizado pelo Departamento Técnico da CBF, para cada fase, não sendo permitido acordo entre clubes para a não realização do sorteio.